权威解析!“研究基础”部分存在的诸多问题

无忧课题
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2023-08-15 14:34:47

  国自然的前期“工作基础”部分,也是国自然项目判断延续性最重要的部分。我们从今年审阅的几百份标书中总结了几点“研究基础”部分存在的诸多“硬伤”:

  1 预实验体量不足

  为什么预实验要足够多?

  1.专家挑刺时,不会以证据链不足秒杀你;

  2.预实验多可以弥补一下“文章不够好”的短板;

  3.预实验多,证明你花了很多经费,那你并不是白嫖的态度来对待国自然,专家也能看到你的努力。

  预实验应该包括3-4张组图:

  第一张:证明你的细胞系和动物模型,成功;

  第二张:生信分析、分子信号轴关键分子和临床问题的相关性,验证关键分子在临床样本、细胞系和动物模型中的表达趋势;

  第三张:过表达或者沉默干预后,观察细胞和动物模型的表型,检测一下XXX通路的激活情况;

  第四张:数据库预测以及分子对接分析;加一个分子互作的实验图,证明分子机制的假说成立。

  2 对照组缺失

  对照组包括空白对照、阴性对照、阳性对照,但一般来讲,至少要有阴性对照,空白对照可以忽略。阳性对照大部分情况不是必须的,但是药物实验中阳性对照却是必须的。

  而过表达和敲低这种实验,阴性对照组一定需要,切不可省略。一般用“空白质粒”“scrambles”“sh-NC”“si-NC”“Mock”作为阴性对照组。

  3 图注(legend)不详实、预实验图模糊不清

  图注缺失、描述过于粗糙、没有介绍单图的实验方法和分组情况。

  有些童鞋的预实验图非常模糊,图像像素极低,不利于专家审阅,不美观。

  4 没有统计显著性标注

  预实验要做到技术性重复和生物学重复,因此每个实验务必形成一个统计学分析结果,并且附带显著性标注“***”“ns(不具有统计学意义)”等。

  当然如果预实验太多,可以选择性进行统计分析。

  5 对参前后文不一致

  全细胞WB内参一般有GAPDH、β-actin、β-tubulin等,但有时候因为代表作属于早几年发表的,所以和现在预实验之间的内参可能会存在差异,这种都可以理解,但最好是内参保持一致。但有时候同一批预实验中内参也有不一致的情况,还望前后保持一致。

  6 分子机制的结果缺失

  分子机制的证据链往往成本很高,毕竟CO-IP、pulldown、ChIP、荧光素酶报告实验等的成本不低,而且往往做了也不一定有阳性结果,所以很多本子并没有放分子机制的预实验结果图,这也是很多国自然本子的通病之一。解决方案就是用数据库预测、motif预测、各种炫酷的分子对接分析来弥补了。

  7 WB条带背景不均一或者分子量(kDa)没标注

  有些WB看起来比较假,因为背景不均衡,不均一,像是不同实验条件下产生的,而且有时候单图的边缘有明显的的切割的痕迹。

  另外一个经常出现的问题就是:WB结果不标注分子量。这不是一个特别规范的学术行为。

  8 肿瘤本子预实验只有一株细胞系

  肿瘤类的本子,预实验中最好使用两株细胞系做功能实验,并且肿瘤类的本子一定含有体内实验。

  9 已取得工作成绩部分

  1.一段话介绍一下自己的科研经历,可以提一下自己的大牛导师;

  2.列出自己的代表作文章,并标注一下作者位次以及中科院分区;

  3.挑2-3篇文章,把重要的实验结论(或者文章的机制图)放一张出来,简单描述一下。

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